مرحوم آیت الله حاج شیخ علی آقا نجفی پس از عزیمت از حوزه نجف و مدتی حضور در حوزه قم، به كاشان بازگشت و تفسير قرآن مجيد را وجهه همت خود قرار داد. همچنین چندین سال، در شبهاي جمعه به تفسير دعاي كميل و روزهاي جمعه به تفسير نهج‌البلاغه و موضوعات ديگر مي‌پرداخت. آن بزرگوار، علاوه بر جلسات منظم تفسیر و سخنرانیها، مكتوبات متعددي داشت كه تعدادي از آنها در زمان حیات ایشان چاپ شد، تعدادی از آثار، بعد از وفات ایشان توسط دفتر تنظیم و نشر آثار به چاپ رسید و تعدادی بصورت دستنویس و چاپ نشده با عناوین ذیل باقي مانده است.